磐石市自然资源局机关内设5个职能机构和1个机关党支部：办公室（行政审批办公室、安全生产监督管理科）、国土空间规划科（国土空间用途管制科、城乡规划管理科）、矿业权管理科（国土空间修复与矿产资源保护监督科，测绘地理信息管理科）、自然资源所有者权益和开发利用科（自然资源调查监测科、耕地保护监督科）、法规监察科（自然资源确权登记科、信访室）。下设事业单位：国土资源执法监察大队、土地收购储备中心、不动产登记中心（土地整理中心）、国土资源管理总站、城乡规划服务中心5个事业单位。