磐石境内水资源较充沛。多年平均水资源总量8.93亿立方米。其中：地下水资源量1.12亿立方米——山区面积为3658平方公里，水资源量为0.66亿立方米，河谷平原面积为302平方公里，水资源量为0.46亿立方米。地下水可开采量为0.61亿立方米。地表水资源量7.81亿立方米。以哈达岭为分水岭，形成南部辉发河，北部饮马河两大水系。共有大小河流65条。流域面积3867.31平方公里。多年平均降雨量719毫米。受气候和地形影响，降雨量从西北向东南递增，西北部最小，仅624毫米，东南部最大，高达803毫米。全市建有蓄水工程794座。其中：中型水库4座，小（Ⅰ）型水库23座，小（Ⅱ）型水库133座，塘坝634座，总蓄水能力1.3亿立方米。全市水域面积5400公顷，可养殖水面3586.7公顷，常见鱼类有：鲤鱼、鲫鱼、鲇鱼、青鱼、武昌鱼、白鲢、胖头、马口、嘎牙子、川丁子、泥鳅等，年产成鱼6050吨。